數(shù)年前，人類以超級戰(zhàn)艦“轟號”，在南極擊潰“哥吉拉”并且將“哥吉拉”封印在地底。但是地球除了“哥吉拉”以，還有許許多多的怪獸，對各人類都市虎視眈眈。于是，人成立了“地球防衛(wèi)部”，專門付各種怪獸的入侵。而地球防部最強大的成員，就是當年封哥吉拉的“轟天號”以及其艦“道格拉斯·戈登上?！?。此，為了應(yīng)付怪獸對人類造成的擾，地球防衛(wèi)部特別甄選了有殊能力的人類，這些“超人類擁有普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁有比普通更強大的體能跟敏捷性，以應(yīng)怪獸的攻擊，其中的佼佼者就“尾崎真一少尉”。就在不久前，人們挖到一個巨大怪物的骸，而且怪物擁有機械跟生物本質(zhì)，懷疑能夠?qū)⑸锔鷻C械合起來的怪物應(yīng)該來自于外太。不久，尾崎真一收到來自嬰島“小美人”的警告，這個怪是當年被“魔斯拉”給封印的蓋剛”，蓋剛的出現(xiàn)代表著人的危機。就在蓋剛出土不久，界各地突然在同一時間，遭受了各大怪物的攻擊，一時之間地球防衛(wèi)部忙的焦頭爛額。但突然出現(xiàn)的神秘飛行器，卻將些怪物全部都帶走。這些自稱X星人”的外星來訪客，聲明自己是人類的朋友，要媱姬人類建起同盟關(guān)系，更聲稱有一個巨的星球即將撞上地球。但是在崎真一還有道格拉斯等人的調(diào)之下，發(fā)現(xiàn)根本就沒有神秘星要撞擊地球。而那些怪獸根本是外星人侵略地球所釋放的，X星人根本是要把人類當作糧食利用。雖然外星人的真面目被穿，但是外星人擁有不可思議超能力，還有手下聽命于外星的巨大怪物。地球防衛(wèi)軍最后殲滅，只剩下轟天號還茍延殘著。此時，道格拉斯想出一個膽的計策，就是解開南極哥吉的封印，讓代表地球最強大怪的哥吉拉，去面對這些外星來侵略者....