在代歐奇希斯（下代歐）變成防型態(tài)與裂空坐持激戰(zhàn)的同時，拉斯市廣播系統(tǒng)昭大家緊急避難。民們聽到廣播后驚慌疏散。代歐時又變成攻擊型，并對裂空坐釋攻擊。廣播持續(xù)吁民眾這并非演，而小超則在逃中的人群當(dāng)中，惑不解為何代歐活著。當(dāng)小超在難時遇見一只難的正電拍拍。小一看到神奇寶貝時嚇壞了，但聽它的求救聲便鎮(zhèn)下來。原來它的伴負電拍拍被陷垃圾桶里無法掙，小超決定幫忙當(dāng)他打開垃圾桶時，忽然負電拍迫不及待地沖出！小超又嚇壞了不由自主地想要離現(xiàn)場，這時忽小卡比獸也從垃桶冒出來！可憐小超就這么昏過了。之后小智趕發(fā)現(xiàn)不省人事的超，便用盡方法把小超叫醒。小蘇醒后卻不高興嫌小智多管閑事背景的小卡比獸撿著垃圾吃）。時小遙、小剛、太、阿隆、一位性和兩位雙胞胎生也趕到，而小正催促小超趕快難。但小超還來及動作，忽然一死光射到他們附的地面，把大家得魂飛魄散！大驚魂甫定時，小告知有個地方可躲難，一行人便了過去。小超帶家來到他之前去玻璃溫室植物園當(dāng)小超對植物園入口讀卡機刷卡，發(fā)現(xiàn)讀卡機故，門打不開了。太自告奮勇地用手奮力把門扳開當(dāng)大家為正太喝時，阿隆盯著小看，輕蔑地說小怎么還待在拉魯市里，以為他慘后早該羞愧地回家了。小智生氣說要再跟他比一，小遙只得勸架現(xiàn)在不是時機，這時一旁的兩位胞胎女生加油添地說她們的哥哥不會輸給小智。智質(zhì)問她們是誰而那位女性解釋兩位小女生是正的妹妹們，オオリ（暫：大鳥）キャサリン（暫凱薩琳）。女性自我介紹是ヒト（暫：小瞳）。下來我們都知道剛會做出什么反啦，而小勝也立拉走小剛的耳朵之后阿隆問大家如何在植物園里發(fā)時間，而小瞳拿出筆記型電腦始查詢那只DNA神奇寶貝的資料但出乎她意料之并沒有任何代歐資料，正太則催她繼續(xù)嘗試（背的小卡比獸正在覺）。此時小智問一臉哀傷的小怎么了，而在其人的關(guān)切下，小開始訴說他四年的經(jīng)歷。小超仰著還在激戰(zhàn)的兩神奇寶貝，在大（除了小卡比獸的全神貫注下，代歐是從宇宙來。四年前一顆隕擊中地表，而從石中，迸出那只倫多博士命名為代歐奇希斯”的奇寶貝。由于它犯了裂空坐的大層領(lǐng)域，于是大戰(zhàn)開始。裂空坐破壞死光之后準地轟碎代歐奇希，成為零星碎片阿隆對小超的故懷疑并嗤之以鼻而正太也叫小超把他們當(dāng)小孩騙并反問為何代歐在還活著？小超能回答他不知道此時在溫室植物上空，代歐開始制自己的“影子歐”分身。分身一看到四處躲藏驚慌市民，居然開始沖下來，擄市民到不知名的方去了！在植物中小智他們?nèi)越?小瞳的電腦收聽播。記者播報現(xiàn)拉魯斯市被?\罩在代歐所形成的明罩里無法對外行，并且影子代們?nèi)喝圆煌５負?人們。小瞳關(guān)掉腦，正太則擔(dān)心困在這里。在窗的影子代歐群不地逼近，把大鳥凱薩琳嚇哭了。然一只分身沖破璃屋頂進來，小看到趕緊叫大家快跑，但影子代卻已經(jīng)沖下來了正太叫出水箭龜高壓幫浦，卻對子代歐無效。就正太納 悶為何無效的時候，吳子背另一只影子代歐襲正太和水箭龜從屋頂破洞把他擄走了！阿隆生地叫出火焰雞使火焰飛踢，小智皮卡丘用十萬伏，小瞳叫出巨金用彗星拳，雙胞叫出溜溜糖球和翅蛾用泡沫光線這些神奇寶貝在付影子代歐群時小智叫大家趕快走，阿隆則問小是否知道緊急出在哪。突然小剛現(xiàn)他的寶貝球無打開了，其他人驚覺他們的也不。影子代歐又殺重圍逼近小超，他只好繼續(xù)逃躲阿隆叫火焰雞攻影子代歐，并叫家別管他而先行離。阿隆請小遙顧好他的兩個妹，但小遙不想丟阿隆不管。此時剛正著急地想叫小卡比獸（居然這節(jié)骨眼還在睡，而火焰雞持續(xù)出上勾拳拖延時，讓小遙她們有間跑到出口。小叫正在戰(zhàn)斗的小他們趕快跑過來但小智他們還是咐小遙她們先行開。忽然，小卡獸打了大大的呵，同時嘴里冒出光照射整個溫室居然把所有影子歐給光分解了！智他們便趁機跑出口離開。此時倫多博士的研究驗室里，倫多博不省人事地躺平助手春野手持電棒，嘴里假惺惺感謝倫多博士的力帶給他不少的便，忘我地盯著晶球體，幻想自能如何地從中獲暴利和權(quán)勢并掀神奇寶貝界的大命。這時忽然有敲門把春野嚇了跳。原來外面是超和一行人，小則對一行人解釋驗室是建造在植園的底下。春野時開門讓大家進，但實驗室里都見倫多博士的人。小超問春野父的下落，春野騙倫多博士已經(jīng)出找他了。小超擔(dān)外面那么危險爸會不會有事，春則叫小超不要窮心。小智打算出尋找博士，但阿則叫小智不要貿(mào)行動造成大家的心。一群人便待一起等倫多博士來。已經(jīng)晚上了卻仍不見倫多博的蹤影。大鳥和薩琳一直喊累喊，阿隆只好哄她安靜再等一下。時小卡比獸手拿三明治走向大鳥凱薩琳，那對雙胎以為這只好心神奇寶貝帶給她食物，卻看到小比獸當(dāng)面把三明吞掉了！兩個女頓時大哭，小智決定要出外找食。阿隆仍是提醒智外面的危險，這次小智毅然地出去，阿隆和其人只好尾隨。在頭可看到影子代四處飄移，如同巡邏一般。小智們放低姿態(tài)以免發(fā)現(xiàn)，并一起計找尋食物大作戰(zhàn)當(dāng)影子代歐暫時開后大伙便分頭進，而小智、皮丘和小剛找到了臺熱狗販賣機，電源切斷了。小叫皮卡丘使出十伏特，那臺電動賣機便一邊啟動邊播放音樂，熱不停地掉出來，剛他們就盡可能抓了一大把。忽，小剛把小智壓地上，并叫他不出聲，原來頭頂飄著一群影子代。小智他們躲在賣機后面，但機的音樂卻還在播！影子代歐聽到樂后往販賣機逼，小智他們則嚇以為死定了。忽小超和正、負電拍從另一頭走出，完全不知道影代歐的存在。分們立刻沖向小超但正、負電拍拍合用了電擊絕招護小超。這時，只影子代歐倏地住負電拍拍和小！小智便奮不顧地抓住那只分身猛咬它的一只手，小超便掙脫成了。小智問小超否安然無恙，皮丘則持續(xù)攻擊其分身。但為數(shù)實太多了，小智叫家趕快逃離，但超仍擔(dān)心負電拍的安全。小剛呼他們自身的安全重要，于是他們逃離現(xiàn)場了。他來到一間開著窗的建筑物，于是爬進窗戶躲藏。子代歐群飛掠過，幸好沒有發(fā)現(xiàn)智他們的蹤跡。稍微喘氣后，小發(fā)現(xiàn)正電拍拍為的同伴難過，便著撫摸安慰正電拍，卻因為幼年傷的身體排斥反讓他無法這么做只好對正電拍拍歉。此時皮卡丘這棟建筑里找到瓶水，讓大家心好了起來。之后家費了一番力氣到實驗室，并一吃著熱狗一面稱多好吃。此時阿指著小瞳的電腦播，告訴小智那被影子代歐擄走人們（包括火箭…和可達鴨）都帶到不知名的地。小剛對那個特地方感到奇怪，時忽然聽到倫多士的聲音！原來從柜子里昏沈地出來，顯然不知自己被電昏的事。博士說代歐正找它的朋友，并大家春野在哪里大家說春野出去，博士環(huán)顧四周現(xiàn)水晶球體不見。小超問父親那什么，倫多博士回答，那球體是歐奇希斯的另一份身體。之后博透露原來那球體是讓代歐再生、制的關(guān)鍵！小勝知春野帶著球體開了，阿隆則猜原來代歐就是為找回這球體才返攻擊大家的。忽，之前在植物園的神秘光芒又出在小超面前和他談話”。小超向家介紹這是他在物園認識的朋友之后那光芒形成一只代歐奇希斯身影。小超告訴親或許水晶球體有生機，便沖出尋找，后面跟著他人。此時在拉斯市的偏僻處，野帶著一只箱子狂地跑。忽然從只神寶的戰(zhàn)斗中來一束死光，在近的地面爆炸讓野失去重心并摔箱子滾出水晶球。爆炸引發(fā)的碎開始落向春野，這倫多博士的助就被掩埋了。在空中的兩只神奇貝也沒閑著，裂坐開始用身體緊代歐，讓代歐無動彈。小超后頭著其他人，藉由個光芒的帶領(lǐng)下續(xù)向前跑。小超在了解為何代歐希斯不想要孤獨并感同身受地決要成為代歐的朋。其他人也決定助小超停息裂空與代歐之爭。此春野掙脫瓦礫堆一邊咒罵水晶球帶來他的麻煩。野這時困惑地找水晶球體的下落但立刻信誓旦旦自信一定能很快到。他拿出遙控按了鈕，激發(fā)不處的水晶球體射強光。在天空中被裂空坐纏住的歐往下看到晶體臉上頓時露出憤的表情?；氐降?，引導(dǎo)小超的光正往水晶球體發(fā)的強光接近，小則興高采烈地說到了。阿隆覺得怪為何水晶球體發(fā)出強光，大家蹲下來端詳。此春野出現(xiàn)說水晶體是他的，并伸準備拿的時候，群影子代歐過來春野包圍住了。隆認為它們也是來拿水晶球體，時小智決定，這要幫助春野…！