數(shù)年前，人類以超級戰(zhàn)艦“轟天號”，在南極潰“哥吉拉”，并且將“吉拉”封印在地底下。但地球除了“哥吉拉”以外還有許許多多的怪獸，對大人類都市虎視眈眈。于，人類成立了“地球防衛(wèi)”，專門對付各種怪獸的侵。而地球防衛(wèi)部最強(qiáng)大成員，就是當(dāng)年封印哥吉的“轟天號”以及其艦長道格拉斯·戈登上校”。外，為了應(yīng)付怪獸對人類成的困擾，地球防衛(wèi)部特甄選了有特殊能力的人類這些“超人類”擁有普通類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁有比普通人強(qiáng)大的體能跟敏捷性，以付怪獸的攻擊，其中的佼者就是“尾崎真一少尉”就在不久之前，人們挖到個巨大怪物的遺骸，而且物擁有機(jī)械跟生物的本質(zhì)懷疑能夠?qū)⑸锔鷻C(jī)械結(jié)起來的怪物應(yīng)該來自于外空。不久，尾崎真一收到自嬰兒島“小美人”的警，這個怪物是當(dāng)年被“魔拉”給封印的“蓋剛”，剛的出現(xiàn)代表著人類的危。就在蓋剛出土不久，世各地突然在同一時間，遭到了各大怪物的攻擊，一之間讓地球防衛(wèi)部忙的焦爛額。但是突然出現(xiàn)的神飛行器，卻將這些怪物全都帶走。這些自稱“X星人”的外星來訪客，聲明自是人類的朋友，要跟人類立起同盟關(guān)系，更聲稱有個巨大的星球即將撞上地。但是在尾崎真一還有道拉斯等人的調(diào)查之下，發(fā)根本就沒有神秘星球要撞地球。而那些怪獸根本就外星人侵略地球所釋放的X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食來利用三身雖然外星人真面目被揭穿，但是外星擁有不可思議的超能力，有手下聽命于外星人的巨怪物。地球防衛(wèi)軍最后被滅，只剩下轟天號還茍延喘著。此時，道格拉斯想一個大膽的計策，就是解南極哥吉拉的封印，讓代地球最強(qiáng)大怪物的哥吉拉去面對這些外星來的侵略....