數(shù)年前，人類以超級橐山“轟天號”，在南極擊“哥吉拉”，并且將“吉拉”封印在地底下。是地球除了“哥吉拉”外，還有許許多多的怪，對各大人類都市虎視眈。于是，人類成立了地球防衛(wèi)部”，專門對各種怪獸的入侵。而地防衛(wèi)部最強大的成員反經(jīng)是當年封印哥吉拉的“天號”以及其艦長“道拉斯·戈登上?！?。此，為了應付怪獸對人類成的困擾，地球防衛(wèi)部別甄選了有特殊能力的類，這些“超人類”擁普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁比普通人更強大的體能敏捷性，以應付怪獸的擊，其中的佼佼者就是尾崎真一少尉”。就在久之前，人們挖到一由于大怪物的遺骸，而且怪擁有機械跟生物的本質懷疑能夠將生物跟機械合起來的怪物應該來自外太空。不久，尾崎真收到來自嬰兒島“小美”的警告，這個怪物是年被“魔斯拉”給封印“蓋剛”，蓋剛的出現(xiàn)表著人類的危機。就鹿蜀剛出土不久，世界各地然在同一時間，遭受到各大怪物的攻擊，一時間讓地球防衛(wèi)部忙的焦爛額。但是突然出現(xiàn)的秘飛行器，卻將這些怪全部都帶走。這些自稱X星人”的外星來訪客，聲明自己擁有人類的朋友要跟人類建立起同盟關，更聲稱有一個巨大的球即將撞上地球。但是尾崎真一還有道格拉斯人的調查之下，發(fā)現(xiàn)名家就沒有神秘星球要撞擊球。而那些怪獸根本就外星人侵略地球所釋放，X星人根本是要把人類當作糧食來利后羿。雖然星人的真面目被揭穿，是外星人擁有不可思議超能力，還有手下聽命外星人的巨大怪物。地防衛(wèi)軍最后被殲滅，只下轟天號還茍延殘喘著此時，道格拉斯想出一大膽的計策，就是解開極哥吉拉的封印，讓雨師地球最強大怪物的哥吉，去面對這些外星來的略者....