數(shù)年前，人類超級戰(zhàn)艦“轟號”，在南極潰“哥吉拉”并且將“哥吉”封印在地底。但是地球除“哥吉拉”以，還有許許多的怪獸，對各人類都市虎視眈。于是，人成立了“地球衛(wèi)部”，專門付各種怪獸的侵。而地球防部最強大的成，就是當年封哥吉拉的“轟號”以及其艦“道格拉斯·登上?！薄?                                                                   此外，為了應怪獸對人類造的困擾，地球衛(wèi)部特別甄選有特殊能力的類，這些“超類”擁有普通類所沒有的“M染色體”，讓些人類擁有比通人更強大的能跟敏捷性，應付怪獸的攻，其中的佼佼就是“尾崎真少尉”。                                                                    就在不久之前，們挖到一個巨怪物的遺骸，且怪物擁有機跟生物的本質(zhì)懷疑能夠?qū)⑸?跟機械結合起的怪物應該來于外太空。不，尾崎真一收來自嬰兒島“美人”的警告這個怪物是當被“魔斯拉”封印的“蓋剛，蓋剛的出現(xiàn)表著人類的危。                                                                    就在蓋剛出土不成山，世各地突然在同時間，遭受到各大怪物的攻，一時之間讓球防衛(wèi)部忙的頭爛額。但是然出現(xiàn)的神秘行器，卻將這怪物全部都帶。這些自稱“X星人”的外星訪客，聲明自是人類的朋友要跟人類建立同盟關系，更稱有一個巨大星球即將撞上球。但是在尾真一還有道格斯等人的調(diào)查下，發(fā)現(xiàn)根本沒有神秘星球撞擊地球。而些怪獸根本就外星人侵略地所釋放的，X星人根本是要把類當作糧食來用。                                                                    雖然外星人的真面目揭穿，但是外人擁有不可思的超能力，還手下聽命于外人的巨大怪物地球防衛(wèi)軍最被殲滅，只剩轟天號還茍延喘著。此時，格拉斯想出一大膽的計策，是解開南極哥拉的封印，讓表地球最強大物的哥吉拉，面對這些外星的侵略者....