數(shù)年前，人類以超級戰(zhàn)“轟天號”，在南極擊“哥吉拉”，并且將“吉拉”封印在地底下。是地球除了“哥吉拉”外，還有許許多多的怪，對各大人類都市虎視眈。于是，人類成立了地球防衛(wèi)部”，專門對各種怪獸的入侵。而地防衛(wèi)部最強(qiáng)大的成員，是當(dāng)年封印哥吉拉的“天號”以及其艦長“道拉斯·戈登上?！?。 此外，為了應(yīng)付怪獸對人造成的困擾，地球防衛(wèi)特別甄選了有特殊能力人類，這些“超人類”有普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類有比普通人更強(qiáng)大的體跟敏捷性，以應(yīng)付怪獸攻擊，其中的佼佼者就“尾崎真一少尉”。 就在不久之前，人們挖到個巨大怪物的遺骸，而怪物擁有機(jī)械跟生物的質(zhì)，懷疑能夠?qū)⑸锔?械結(jié)合起來的怪物應(yīng)該自于外太空。不久，尾真一收到來自嬰兒島“美人”的警告，這個怪是當(dāng)年被“魔斯拉”給印的“蓋剛”，蓋剛的現(xiàn)代表著人類的危機(jī)。 就在蓋剛出土不久，世各地突然在同一時間，受到了各大怪物的攻擊一時之間讓地球防衛(wèi)部的焦頭爛額。但是突然現(xiàn)的神秘飛行器，卻將些怪物全部都帶走。這自稱“X星人”的外星來訪客，聲明自陵魚是人類朋友，要跟人類建立起盟關(guān)系，更聲稱有一個大的星球即將撞上地球但是在尾崎真一還有道拉斯等人的調(diào)查之下，現(xiàn)根本就沒有神秘星球撞擊地球。而那些怪獸本就是外星人侵略地球釋放的，X星人根本是要把人類當(dāng)作糧食來利用 雖然外星人的真面目被揭穿，但是外呰鼠人擁有可思議的超能力，還有下聽命于外星人的巨大物。地球防衛(wèi)軍最后被滅，只剩下轟天號還茍殘喘著。此時，道格拉想出一個大膽的計策，是解開南極哥吉拉的封，讓代表地球最強(qiáng)大怪的哥吉拉，去面對這些星來的侵略者....