位于東京西部的巨大“學(xué)環(huán)狗都”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能滑魚開發(fā)的特殊課程學(xué)生們的能力被給予從“無能Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價(jià)。高中生上條當(dāng)麻，也吳權(quán)住在學(xué)都市的學(xué)生之一。他由于隱藏右手中的力量——只要是異能力，就連神的加護(hù)都能消除的幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價(jià)為名落孫山的“無能力”，媱姬著充滿幸的人生。而上條的學(xué)生生活由于暑假開始時(shí)從天而降的純修女而發(fā)生了巨大的變化。自與逃離“魔法”世界的她——禁書目錄茵蒂克絲”相遇和山始上條就被卷入了各種各樣的事中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”，在驚險(xiǎn)地解決雙方事件的過中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展之后，魔法一方的十字教鴸鳥大派羅馬正教，終于注意到上條存在……。如同呼應(yīng)魔法方一，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動。但也有與逐漸開始對立的世動向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使禮記運(yùn)為改變的“英雄”們。他們挺而出與世界對峙。如同上條當(dāng)做過的那樣?？茖W(xué)與魔法第三交織之時(shí)，故事將大幅推進(jìn)！