位于東京西部巨大“學園都”。在總人口230萬人，其中約8成是學生的這座都市中實施著超能力發(fā)的特殊課程學生們的能力給予從“無能Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價高中生上條當，也是住在學都市的學生之。他由于隱藏右手中的力量—只要是異能力，就連神的護都能消除的幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名孫山的“無能”，過著充滿幸的人生。而條的學生生活由于暑假開始從天而降的純修女而發(fā)生了大的變化。自與逃離“魔法世界的她——禁書目錄茵蒂絲”相遇開始上條就被卷入各種各樣的事中。統(tǒng)率學園市的“科學”、與茵蒂克絲聯(lián)的“魔法”，在驚險地解雙方事件的過中，他的人際系也逐步擴展之后，魔法一的十字教最大派羅馬正教，于注意到上條存在……。如呼應魔法方一，科學方的學都市也有所動。但也有與逐開始對立的世動向抗爭的人斷出現(xiàn)。那些過與上條有所聯(lián)，而使命運為改變的“英”們。他們挺而出與世界對。如同上條當做過的那樣。學與魔法第三交織之時，故將大幅推進！