創建于19、20世紀之交的圣約翰大學醫學院、震旦大學醫學院和同德醫學院三座古老的醫學殿堂，于1952年合并成立了
上海第二醫學院，1985年改名上海第二醫科大學。2005年7月，兩所有著百余年辦學歷史的大學——上海交通大學和上海第二醫科大學合并，成立了新上海交通大學和上海交通大學醫學院。
醫學院堅持發揚“海納百川、博采眾長”的優良傳統，大力弘揚“博極醫源、精勤不倦”的醫學院精神，逐漸形成了富有自身特點的辦學風格和特色。兩校合并之后，醫學院人在“除人類之病痛、助健康之完美”的孜孜追求中，又融入了上海交大“飲水思源、愛國榮?！钡呢熑闻c夢想。
學院擁一批國內著名的醫學專家和學者，有中國科學院院士1人，中國工程院院士10人，國家“973”項目首席科學家4人等一批在國內外有一定影響的學者。三級以上教授有57人，這些老專家大多有了第二代或第二代傳人。隨著“211工程”、“跨世紀人才培養工程”全面實施，醫學院以創新思路大膽引進海外頂尖人才，加大人才培養力度，一批在國內外有影響的學科帶頭人和優秀中青年骨干脫穎而出。
在黨的教育方針指導下，根據社會對醫學人才的需求，學院的辦學規模和教學質量有了很大的提高。從建校初期的2各本科專業、3個?？茖I發展為有臨床醫學八年制和口腔醫學七年制兩個長學制專業和臨床醫學、預防醫學、醫學檢驗、護理學、公共事業管理、生物醫學工程、營養學、市場營銷、藥學等本科專業。
學院歷來重視基礎與臨床教學基地建設，在長期的醫學教育實踐中，形成了重視臨床實踐、全面提高素質、嚴格質量把關、力求改革創新的教學傳統和特色。目前擁有瑞金醫院、仁濟醫院、新華醫院、上海市第九人民醫院、上海市第六人民醫院、上海市第一人民醫院、上海市第三人民醫院等7所綜合性附屬醫院和上海市精神衛生中心、上海市兒童醫學中心、國際和平婦嬰保健院、上海市兒童醫院、上海市胸科醫院等5所?？菩愿綄籴t院和16個臨床教學中心，核定床位11999張，是全國臨床教學資源最豐富的醫學院校。
學院學術氣氛濃厚，學科優勢明顯，現有國家教育部重點學科10個，國家重點實驗室和工程中心3個，教育部重點實驗室和工程中心3個，衛生部重點實驗室4個，世界衛生組織（WHO）合作中心3個，及一批“211工程”重點建設學科。學院科研成果卓著，科研項目經費數始終在國內醫學院校中處于領先地位?？蒲许椖?、科研經費及國家重大重點項目承擔數在全國醫學院校中處于領先地位?！笆濉币詠?，醫學院共獲得市（部）級科技成果獎211項，其中國家自然科學二等獎1項，國家科技進步獎3項。
學院有悠久的國際學術交流傳統，經過多年的努力，特別是改革開放以來，學校的國際教六工作有了很大發展，形成了層次高、效益好、交往面廣、民間色彩濃、國際影響大的特點。
學院環境優美，擁有良好的硬件設施好學習環境，原震旦大學的法式建筑鑲嵌在園林式的綠樹叢中，四百畝閔行校區也已列入規劃，美麗的校園充滿了勃勃生機。
學院教學管理嚴謹，重視教學研究，是國內最早成立醫學教育研究室的院校之一，１９９８年又成立了全國高等醫學教育學會臨床醫學教育中心，２００４年成立了醫學教育研究和發展中心。學院教務處連續被國家教育部和上海市教育委員會評為全國和上海市優秀教務處。
學院２００３年１１月接受了教育部專家組對本科教學工作水平評估和七年制高等醫學教育教學工作兩項評估。教育部２００４年公布了評估結果，教學評估取得了“優秀”。
