自2002年X檔案的六年后,前聯(lián)邦員丹娜·斯莉(吉蓮·德森 Gillian Anderson 飾)調(diào)任某教會(huì)醫(yī)院任醫(yī)師,福斯·穆德(衛(wèi)·杜楚尼 David Duchovny 飾)則過(guò)著隱居的活,繼續(xù)著超自然現(xiàn)象關(guān)注。某天FBI探員前來(lái)請(qǐng)求他們幫助。原來(lái)段時(shí)間內(nèi),吉尼亞州接有數(shù)名女子秘失蹤,其甚至包括一聯(lián)邦探員。于神父約瑟(Billy Connolly 飾)聲稱看到了罪畫(huà)面,因FBI希望對(duì)超自然案件著豐富經(jīng)驗(yàn)穆德和斯科協(xié)助調(diào)查。而隨著調(diào)查深入,穆德斯科莉卻發(fā)案件的黑暗遠(yuǎn)超出他們想象。這對(duì)作多年的搭面臨著巨大考驗(yàn)……本為同名美劇第二部劇場(chǎng)?