數(shù)年前，人類超級(jí)戰(zhàn)艦“轟號(hào)”，在南極潰“哥吉拉”并且將“哥吉”封印在地底。但是地球除“哥吉拉”以，還有許許多的怪獸，對(duì)各人類都市虎視眈。于是，人成立了“地球衛(wèi)部”，專門付各種怪獸的侵。而地球防部最強(qiáng)大的成，就是當(dāng)年封哥吉拉的“轟號(hào)”以及其艦“道格拉斯·登上校”。此，為了應(yīng)付怪對(duì)人類造成的擾，地球防衛(wèi)特別甄選了有殊能力的人類這些“超人類擁有普通人類沒有的“M染色體”，讓這些類擁有比普通更強(qiáng)大的體能敏捷性，以應(yīng)怪獸的攻擊，中的佼佼者就“尾崎真一少”。就在不久前，人們挖到個(gè)巨大怪物的骸，而且怪物有機(jī)械跟生物本質(zhì)，懷疑能將生物跟機(jī)械合起來的怪物該來自于外太。不久，尾崎一收到來自嬰島“小美人”警告，這個(gè)怪是當(dāng)年被“魔拉”給封印的蓋剛”，蓋剛出現(xiàn)代表著人的危機(jī)。就在剛出土不久，界各地突然在一時(shí)間，遭受了各大怪物的擊，一時(shí)之間地球防衛(wèi)部忙焦頭爛額。但突然出現(xiàn)的神飛行器，卻將些怪物全部都走。這些自稱X星人”的外星來訪客，聲明己是人類的朋，要跟人類建起同盟關(guān)系，聲稱有一個(gè)巨的星球即將撞地球。但是在崎真一還有道拉斯等人的調(diào)之下，發(fā)現(xiàn)根就沒有神秘星要撞擊地球。那些怪獸根本是外星人侵略球所釋放的，X星人根本是要人類當(dāng)作糧食利用。雖然外人的真面目被穿，但是外星擁有不可思議超能力，還有下聽命于外星的巨大怪物。球防衛(wèi)軍最后殲滅，只剩下天號(hào)還茍延殘著。此時(shí)，道拉斯想出一個(gè)膽的計(jì)策，就解開南極哥吉的封印，讓代地球最強(qiáng)大怪的哥吉拉，去對(duì)這些外星來侵略者....