擁有一頭色頭發(fā)的主角名字叫作深井 青(フカイ·アオ，名字在日中帶有“青”的意），是一13歲少年。青的父蘭頓·薩頓(Renton Thurston、レントン·サストン)行蹤不明，母親優(yōu)萊(Eureka、エウレカ)也在10年前被美軍帶走。由于繼了母親的殊基因，得他能夠見人眼所能看到的西，如粒為20nm大小的光子，紅外、紫外線等（但在太空這一殊生理受限制）。時(shí)與診療里的老醫(yī)深井 敏夫一同生活現(xiàn)正在Generation Blue（藍(lán)色世代）。女主角名字將是拉塔·娜，同樣是13歲，是與青一同成的青梅竹。娜露因童年時(shí)的故而使擁”ユタ”力量(猶達(dá)，是日本繩以占卜職業(yè)的靈師的名稱)的眼睛醒。娜露有夠聽懂珊巖心聲的異功能，是因?yàn)樯?巖的一部在她體內(nèi)長，從某程度上來她和珊瑚存在部分合，但正因?yàn)檫@樣導(dǎo)致她自身體虛弱需要把氧放入在手的吸氧器現(xiàn)與父親妹妹及祖一同生活。本作的臺(tái)也設(shè)定沖繩的磐島上，當(dāng)的磐戶島進(jìn)行著自權(quán)回復(fù)運(yùn)，但在某天，在島出現(xiàn)的珊巖受到了敵白細(xì)胞G-Monster的攻擊，而為保護(hù)磐戶，男主角與人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并與G-Monster戰(zhàn)斗的故事就此開?