南通大學杏林學院前身為南通醫學院杏林學院，始建于1999年2月，是江蘇省首批按新機制、新模式設置的本科層次國有民辦二級學院， 2004年5月在南通醫學院、南通工學院和南通師范學院三家組建合并南通大學后，學院更名為南通大學杏林學院，于2005年5月經教育部批準轉辦為獨立學院。
南通大學杏林學院是學院坐落于有“中國近代第一城”之美譽的、中國第一批沿海開放城市之一的江蘇省南通市，以南通大學鐘秀校區作為辦學校園，占地面積500多畝。校園環境幽雅，人文氛圍濃郁，教學、生活設施完善，是青年學子理想的求學成才之所。
杏林學院依托南通大學實力雄厚的師資隊伍，共享母體優質的教育教學資源，現有在校學生8000余人，設有56個專業（方向）。杏林學院創辦十年來，形成了科學、規范的辦學機制：
先進的辦學理念。堅持“以學生為本”的辦學理念，確立培養具有必要的理論基礎、較強的實踐能力、明顯的技能優勢的“應用型”人才的目標，采取“因材施教，科學管理”的教學管理策略，重視學生綜合素質的培養，尊重學生的個性，發揮學生的特長，挖掘學生的潛能，最大可能地為每一個杏林學子成才創造條件。
科學的培養方案。根據培養經濟社會發展所需的應用型人才的目標，按照南通大學全日制本科人才培養規格、教學要求，制定適合我院學生的培養計劃和課程體系，重點加強基礎理論教學和實踐技能訓練，實行對學生的分類指導和分層培養方式。學生學業期滿成績合格，將頒發普通高等教育全日制本科畢業證書，符合學士學位授予條件的學生將按規定授予學士學位。
高效的管理機制。學院形成了學院、年級（專業）、班級三級學生管理機制，擁有一支精干的專職學生工作干部隊伍，擇優聘請責任心強、育人經驗豐富的教師擔任班主任。建立健全了一系列以人為本、科學有效的管理制度，同時形成了學生自我教育、自我管理、自我服務網絡。
完善的助學體系。建立了由獎助學金、國家助學貸款、勤工助學、特困補助等構成的較為完善的助學保障體系。學院設有家長委員會、家長學校，實現家校共育。學院幫助學生配備人文、學業、創業指導老師，指導學生建立各種各樣的學習合作小組、科技創新小組、興趣愛好小組、創業工作室等，形成了具有特色的助生成才體系。
豐富的校園文化。重視學生綜合素質的培養，發揮多學科、綜合性強的優勢，通過開展豐富多彩的校園文化活動，為學生搭建展現個人才華的平臺，培養學生自我管理能力、職業生涯規劃能力、科技實踐能力、社會活動能力及自主創業能力。
